Согласно статье 346.24 НК РФ при упрощенной системе налогообложения налогоплательщики обязаны фиксировать все свои доходы и расходы в обязательной форме, утвержденной Министерством финансов Российской Федерации в книге учета доходов и расходов. Ее вид и порядок заполнения утверждены приказом Минфина России от 31.12.2008 № 154н. Налогоплательщику строго не регламентирована обязанность вести документ в виде бумажного документа или в электронной форме. Одним из обязательных общих требований ведения книги является само ведение Книги учета доходов и расходов.
В случае ведения в бумажном варианте Книга учета доходов и расходов должна быть пронумерована и прошита, с подписью руководителя организации или индивидуального предпринимателя, а также заверена подписью должностного лица налогового органа и скреплена печатью налогового органа до начала ее ведения. На каждый очередной налоговый период открывается новая Книга учета доходов и расходов. Исправление ошибок в Книге учета доходов и расходов должно быть обоснованно и подтверждено подписью руководителя организации (индивидуального предпринимателя) с указанием даты исправления и печатью организации (индивидуального предпринимателя - при ее наличии).

Если ведение Книги учета доходов и расходов осуществляется в электронном варианте, налогоплательщики обязаны по окончании отчетного (налогового) периода вывести ее на бумажные носители. На последней странице, пронумерованной и прошнурованной налогоплательщиком Книги учета доходов и расходов, которая велась в электронном виде и выведена по окончании налогового периода на бумажные носители, указывается количество содержащихся в ней страниц, которое подтверждается подписью руководителя организации (индивидуального предпринимателя) и скрепляется печатью организации (индивидуального предпринимателя - при ее наличии), а также заверяется подписью должностного лица налогового органа и скрепляется печатью налогового органа.

Предприятия, осуществляющие достаточно большое количество операций, при заполнении книги учета могут столкнуться с проблемами, не позволяющими эффективно работать по установленной книге учета доходов и расходов. Это прежде всего относится к требованию отражать "все хозяйственные операции за отчетный (налоговый) период в Книге учета доходов и расходов в хронологическом порядке на основе первичных документов позиционным способом". Не дается каких-либо объяснений по поводу того, как поступить в отношении тех операций, которые вообще не являются ни доходами, ни расходами (например, передача товаров комиссионеру по договору комиссии для их последующей реализации, поступление денежных средств по договору займа и т.п.), а также тех операций, которые в момент их совершения пока не могут признаваться доходами или расходами в силу невыполнения требований их признания таковыми согласно ст. 346.17 НК РФ (например, начисленные, но не оплаченные проценты по кредитам или неполученные доходы по выполненным работам, оказанным услугам).

Предприятиям, применяющим упрощенную систему налогообложения, придется разрабатывать собственные регистры, позволяющие учесть те или иные хозяйственные операции, произвести какие-то расчеты (например, в отношении лимитируемых расходов) и своевременно исчислить сумму налога, подлежащую уплате в бюджет. С наименьшими трудностями столкнутся те предприятия, которые в качестве объекта налогообложения выбрали доходы.

По окончании налогового периода Книга учета доходов и расходов должна быть представлена в налоговый орган для заверения должностным лицом налогового органа не позднее срока, установленного для представления налоговой декларации в соответствии со ст. 346.23 Налогового кодекса Российской Федерации.
Напоминаем! Организации отчитывающиеся по итогам налогового периода обязаны предоставить налоговую декларацию не позднее 31 марта года, следующего за истекшим налоговым периодом, а индивидуальные предприниматели не позднее 30 апреля года, следующего за истекшим налоговым периодом (ст. 346.23 НК РФ).

Порядок заполнения раздела I
Книга учета доходов и расходов состоит из трех разделов и справки к разделу I. При объекте налогообложения доходы заполняется единственный раздел I, да и то не полностью, а только графы с 1 по 4.
В графе 4 не учитываются:
- доходы, указанные в ст. 251 НК РФ;
- доходы организации, облагаемые налогом на прибыль организаций по налоговым ставкам, предусмотренным п. 3 и 4 ст. 284 НК РФ, в порядке, установленном главой 25 НК РФ;
- доходы индивидуального предпринимателя, облагаемые налогом на доходы физических лиц по налоговым ставкам, предусмотренным п. 2, 4 и 5 ст. 224 НК РФ, в порядке, установленном главой 23 НК РФ.
Записи в графу 5 раздела I, а также во все остальные вносят лишь при объекте налогообложения «доходы, уменьшенные на величину расходов». Налогоплательщик, применяющий упрощенную систему налогообложения с объектом налогообложения в виде «доходов» вправе по своему усмотрению отражать в графе 5 расходы, связанные с получением доходов, налогообложение которых осуществляется в соответствии с упрощенной системой налогообложения.
Раздел I предназначен для регистрации документов и учета доходов и расходов при исчислении налоговой базы. В графе 2 указывают реквизиты документов, которые указывают на получение денежных средств, а также документы отражающие расходы, указанные в п. 1 ст. 346.16 НК РФ. Порядок признания и учета расходов при определении налоговой базы по налогу, уплачиваемому в связи с применением упрощенной системы налогообложения, установлен п. 2 - 4 ст. 346.16, п. 2 - 4 ст. 346.17, п. 2, 3, 5, 7 и 8 ст. 346.18 и п. 1, 2.1, 4 и 6 ст. 346.25 Налогового Кодекса РФ.
Справочная часть раздела I заполняется налогоплательщиком, выбравшим в качестве объекта налогообложения "доходы, уменьшенные на величину расходов" после окончания налогового периода.

Порядок заполнения раздела II
Раздел II заполняется налогоплательщиком, выбравшим в качестве объекта налогообложения "доходы, уменьшенные на величину расходов" и предназначен для учета расходов на приобретение (сооружение, изготовление) основных средств и нематериальных активов. Причем в этом разделе можно отражать не только расходы на приобретение, сооружение и изготовление, но и на реконструкцию, достройку, модернизацию и техническое перевооружение основных средств, а также расходы на приобретение нематериальных активов, создание нематериальных активов самим налогоплательщиком, предусмотренные пп. 1 и 2 п. 1 ст. 346.16 НК РФ. По окончанию отчетного или налогового периода полученные итоги, значения расходов переносят в раздел I.
Порядок заполнения раздела II следующий:
- в графе 1 указывается порядковый номер операции;
- в графе 2 указывается наименование объекта основных средств или нематериальных активов в соответствии с техническим паспортом, инвентарными карточками и иными документами на объект основных средств или нематериальных активов;
- в графах 3—5 даты оплаты, сдачи документов на регистрацию и ввода в эксплуатацию (постановки на учет);
- в графе 6 проставляется первоначальная стоимость объектов, появившихся у налогоплательщика при упрощенной системе налогообложения. Объекты, приобретенные (построенные) до перехода на упрощенную систему налогообложения, графа 6 не заполняется;
- в графе 7 срок полезного использования;
- в графе 8 остаточная стоимость. Расходы на достройку, дооборудование, реконструкцию, модернизацию техническое перевооружение основных средств, числящихся на балансе при переходе на упрощенную систему налогообложения, рекомендуется отражать в текущей графе 8;
- в графе 9 указывается количество кварталов эксплуатации в налоговом периоде оплаченного и введенного в эксплуатацию (принятого к бухгалтерскому учету) объекта основных средств или нематериальных активов;
- графа 10 указывается доля стоимости приобретенного (сооруженного, изготовленного, созданного самим налогоплательщиком) объекта основных средств или нематериальных активов, принимаемая в расходы в соответствии с пунктом 3 статьи 346.16 НК РФ, за налоговый период, а в графе 11 доли за каждый квартал налогового периода;
- в графах 12 и 13 фиксируются значения поквартальных и годовых расходов;
- графа 14 введена для записей расходов на данный объект, учтенных в предыдущие налоговые периоды применения упрощенной системы налогообложения, а графа 15 — суммы, переносимой на следующие годы;
- в графе 16 указывается дата реализации или иного выбытия актива. 

Порядок заполнения раздела III
Раздел III заполняется налогоплательщиком, выбравшим объект налогообложения в виде «доходов, уменьшенных на величину расходов», и получившим по итогам предыдущего (предыдущих) налогового (налоговых) периода (периодов) убытки от осуществляемой предпринимательской деятельности. Таким образом, можно снизить налоговую базу следующего налогового периода на величину убытков, понесенных в прошедшем прошлом периоде.
В строках 020—110 суммы распределяют по годам их появления. В строке 120 указывается налоговая база за истекший налоговый период (соответствует значению показателя по коду строки 040 справочной части раздела I Книги доходов и расходов). В строке 130 указывается сумма убытков, на которую налогоплательщик фактически уменьшил налоговую базу за истекший налоговый период.
В строке 140 указывается сумма убытка за истекший налоговый период (соответствует значению показателя по коду строки 041 справочной части Раздела 1 Книги доходов и расходов).
В строку 150 указывается сумма убытков на начало следующего налогового периода соответствует значению показателя по коду строки 010 - код строки 130 + код строки 140).

Отражение доходов при упрощенной системе налогообложения
В соответствии со ст. 346.15 НК РФ при упрощенной системе налогообложения учитывают доходы от реализации, определяемые в соответствии со ст. 249 НК РФ, и внереализационные доходы, определяемые в соответствии со ст. 250 НК РФ. Доходы, указанные в ст. 251 НК РФ, а также доходы, облагаемые налогом на прибыль или НДФЛ по ставкам, указанным в п. 3 и 4 ст.284 и п.2, 4 и 5 ст. 224 НК РФ, в налоговую базу при упрощенной системе налогообложения не включаются.
Порядок учета доходов содержится в п. 1 ст. 346.17 НК РФ. Датой получения доходов признается день поступления денежных средств на счета в банках и (или) в кассу, получения иного имущества (работ, услуг) и (или) имущественных прав, а также погашения задолженности (оплаты) налогоплательщику иным способом (кассовый метод). Согласно кассовому методу к доходам относят и полученные авансы. Если же их приходится возвращать (полностью или частично), доходы уменьшаются на сумму, перечисленную покупателю или заказчику обратно.

Минимальный налог
Минимальный налог касается только налогоплательщиков с объектом налогообложения «доходы, уменьшенные на величину расходов». В соответствии с п. 6 ст. 346.18 НК РФ все налогоплательщики, которые применяют в качестве объекта налогообложения «доходы, уменьшенные на величину расходов», уплачивают минимальный налог. Сумма минимального налога исчисляется за налоговый период в размере 1% от суммы налогооблагаемых доходов, в случае если сумма налогов, исчисленная в обычном порядке, окажется меньше суммы исчисленного минимального налога. Налогоплательщик имеет право в следующие налоговые периоды включить сумму разницы между суммой уплаченного минимального налога и суммой налога, исчисленной в общем порядке, в расходы при исчислении налоговой базы, в том числе увеличить сумму убытков, которые могут быть перенесены на будущее.
В соответствие с п. 7 ст. 346.18 НК РФ налогоплательщики с объектом налогообложения «доходы, уменьшенные на величину расходов», могут уменьшить налоговую базу на общий показатель прошлых убытков. До 2009 года существовало ограничение и разрешалось добиться снижения не более чем на 30%. На сегодняшний день такого ограничения нет.